口臭の原因には次のようなものが挙げられます。

【生理的口臭】
●早朝時の口臭
人間の吐く息は、全く無臭ではありませんが、それほど強くはありません。しかし、起床時には軽度の口臭があります。これは、睡眠中に唾液が減少して自浄作用が低下し、口腔粘膜の乾燥、剥離が生じるためです。
●空腹時の口臭
健康人でも空腹時に口臭が出ることがあります。この原因は不明で、全身的な因子が考えられています。
●月経時の口臭
女性の場合、月経時に口臭が起こることがあり、特に月経困難者で強くなることが多いようです。
●ストレス性口臭
神経の緊張、疲労があると口臭の出ることがあります。これは、神経の緊張により、唾液の分泌が減少するのが原因と考えられています。
●年齢の増加による口臭
口臭は、年齢の増加に伴って増加するといわれています。これは、年齢の増加に伴い、唾液の分泌が減少するためと考えられています。
●食物による口臭
ニンニク、ニラ、ネギなどを食べた後や飲酒後に、生理的な口臭と混在して、不快な口臭を出すのは、日常的に経験することです。

【病的口臭】
●口腔に起因する口臭
虫歯、歯周病（歯槽膿漏）、口内炎、潰瘍が原因で、健康な方でも口の中の清掃が不十分な場合は起こります。
●口腔以外に起因する口臭
肺結核、慢性胃炎、便秘、白血病、悪性貧血、糖尿病、尿毒症、癌などが原因で起こります。
●心因性口臭
口臭を本人だけが自覚し、他人には分らない口臭を「自臭症」といいます。口臭に敏感になっている方に多いようです。

以上が主なものですが、ほとんどの場合は口腔内の汚れに原因があります。「歯は磨いているのに口臭が消えない」というのは、清掃が不十分なことが多いようです。